良好水生態(tài)系統(tǒng)的特征具有生物的多樣性。包括生物基因的多樣性、生物棲息地的多樣性和生物物種的多樣性三方面;水生態(tài)系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)完整。水生態(tài)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)指構(gòu)成生態(tài)系統(tǒng)諸要素及其量比關(guān)系，各組分在時(shí)間、空間上的分布，以及各組分之間的能量、物質(zhì)、信息的交流途徑與傳遞關(guān)系。

　　只有結(jié)構(gòu)完整的系統(tǒng)才是穩(wěn)定和健康的生態(tài)系統(tǒng)，主要表象為生物的生產(chǎn)者、消費(fèi)者和分解者齊全，各類生物需要的能量、營(yíng)養(yǎng)和食物鏈結(jié)構(gòu)完整。外來(lái)物種少。特有物種生存良好;水質(zhì)良好;景觀及環(huán)境優(yōu)美，使人寧?kù)o、陶醉、舒心，產(chǎn)生靈感和創(chuàng)作激情。

　　生態(tài)系統(tǒng)保護(hù)與治理原則由于生態(tài)系統(tǒng)的復(fù)雜性，到目前為止并沒(méi)有經(jīng)典、統(tǒng)一和定量化的水生態(tài)系統(tǒng)保護(hù)與治理理論，但有幾個(gè)基本原則：需要按自然規(guī)律辦事，少干擾，不進(jìn)一步破壞也是治理計(jì)劃。

　　水質(zhì)良好是人類和生物都需要的，是生態(tài)治理的基本內(nèi)容;保護(hù)生態(tài)系統(tǒng)比保護(hù)旗艦物種更重要;生態(tài)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)和完整性的保護(hù)比物種數(shù)量或者生物量的保護(hù)更重要;治理生態(tài)系統(tǒng)的功能比治理景觀更重要。

　　生態(tài)系統(tǒng)治理的目標(biāo)，是生態(tài)系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)和功能的治理，但也有以標(biāo)志性物種重現(xiàn)為目標(biāo)：如萊茵河生態(tài)治理計(jì)劃明確地把大馬哈魚(yú)回到河流作為其標(biāo)志;英國(guó)泰晤士河治理將大馬哈魚(yú)、鱒魚(yú)、鰻魚(yú)等作為河流生態(tài)治理的重要成效指標(biāo);德國(guó)眾多河流的生態(tài)治理也都把河流系統(tǒng)中的各種生物放在十分重要的位置，將水體重建、河流的水文循環(huán)恢復(fù)、使魚(yú)類和底棲無(wú)脊椎動(dòng)物回到河流以實(shí)現(xiàn)河流生態(tài)系統(tǒng)完整性作為目標(biāo)，德國(guó)Isar河的生態(tài)治理甚至將在河流中游泳、洗浴作為治理目標(biāo)。

　　水生態(tài)系統(tǒng)的治理不僅在于水體和水底，更重要是治理水陸過(guò)度帶，控制點(diǎn)源和面源污染。水生態(tài)系統(tǒng)恢復(fù)的三大任務(wù)是水質(zhì)和自然水文過(guò)程的提高;水域形態(tài)及地貌特征和生物物種的恢復(fù)。

　　治理的方法包括物理(如棲息地)、化學(xué)(如水質(zhì))、生物和管理等多方面，重建或者調(diào)度比較自然的水文和水動(dòng)力過(guò)程、恢復(fù)彎曲河道和分汊河道、增加水面生態(tài)斑點(diǎn)和生態(tài)走廊就是物理方法，而曝氣復(fù)氧、添加活性炭等屬于化學(xué)方法，重建岸邊植被和水草、生物操作、增殖放流等屬于生物方法。

　　水生態(tài)文明的基本特征水生態(tài)文明定義可以分為廣義和狹義兩種，前者包括人水和諧及水生態(tài)系統(tǒng)良好兩方面內(nèi)容，而狹義的定義主要指水生態(tài)系統(tǒng)良好一個(gè)方面。廣義水生態(tài)文明的基本特征：1)在社會(huì)和個(gè)人合理承擔(dān)一 洪水風(fēng)險(xiǎn)的情況下，保障江河湖海水域的防洪，特別強(qiáng)調(diào)保障人民生命和財(cái)產(chǎn);2)在考慮節(jié)約用水等嚴(yán)格水資源管理?xiàng)l件下，保障人類用水，特別強(qiáng)調(diào)人畜飲用水保障;3)為了人類可持續(xù)發(fā)展，盡量保障水域生態(tài)系統(tǒng)良好，不僅要保障水域水質(zhì)良好，還要為特有水生生物提供基本的棲息地及水環(huán)境條件。